Los resultados han mostrado un predominio de Ascomycota, Basidiomycota y Mucoromycota en todas las muestras. La diversidad alfa a nivel de género no se no se vio afectada por el estado de salud y se caracterizó por comunidades fúngicas irregulares y mal distribuidas, dominadas por unos pocos géneros. Los géneros diferencialmente abundantes (DA) entre muestras sanas y deterioradas se encontraron en castaño (15) encina (6) y roble pirenaico (4), pero no en alcornoque. Algunos géneros conocidos por su potencial fitosanitario, como Trichoderma, se encontraron exclusivamente en árboles sanos. Los perfiles funcionales revelaron un predominio de fitopatógenos y saprobios en todas las especies arbóreas, independientemente de su salud.